Намира се непосредствено до град Земен на около 17 км. от международния път от София за Кюстендил и Гюешево. Разположен е в красива местност в близост до Земенския пролом по поречието на р. Струма.
Основан е през 11 век. Състои се от черква, камбанария и две сгради. В момента не се обитава от монаси.
Църквата със стенописите е оцеляла повече от 9 века, въпреки че манастирската обител е рухвала и е била възстановявана няколко пъти.Според легендата, неназован кардинал от Ватикана предрекъл, че храмът край Земен ще спаси света. Затова и той винаги досега е оцелявал.
Уникална е църквата за нашите земи, защото това е единственият кръстно-куполен храм с кубична форма – 9 на 9 на 9 метра. При преминаване от вратата към олтара, се образува вписан кръст в квадрат. Куполът на църквата също е вписан в квадрат.
Богомилите са пазели тук знакът на българина- звездата със седем лъча, единственият символ, който е в състояние да обедини всички религии по света, твърди легенда. Според друго предание, през Земенския манастир са минали кръстоносците, които са търсели храма на Соломон.
Очите на иконите сякаш са избодени. За да избегнат проклятие, хората, извършващи набези в манастира, издрасквали очите на светците, за да не ги виждат, твърдят местни хора.
Стенописите на манастирската църква, посветена на Йоан Богослов, са изографисани през 11-ти и 14-ти век. Олтарът е каменен монолит, а подът е изграден от разноцветни каменни плочи и антични тухли. Куполът е изграден от камък и се издига върху висок цилиндричен барабан.
Едни от най-ранните портрети на български боляри, които са с най-голяма художествена стойност след образите на севастократор Калоян и Десислава от Боянската църква, са в църквата.В югозападния ъгъл са запазени шест ктиторски портрета, между тях на деспот Деян Драгаш и съпругата му Доя-местно феодално семейство.
Емблематична е сцената с изковаване на гвоздеите, с които Христос е прикован към кръста. Почитана е от масоните и не е описвана в Библията. Изобразява жена, ковяща гвоздеите. Легендата гласи, че ковачът, на комуто е било поверено изковаването, е отказал, защото ръката му е била наранена, и неговата съпруга поема задачата.Гвоздеите на Разпятието” се споменават за първи път едва след като Св. цар Константин и майка му Елена намират Христовия кръст в околностите на Йерусалим през 326 година.
Камъкът по средата на църквата има чудодейна сила, според мнозина той сбъдва желания. Ако човек постави лявата си ръка върху него и си пожелае от все сърце нещо, то непременно ще се сбъдне, мълвят предания, които се пренасят от векове.
